第三步是生成干酪根。在沉积时期，由于微生物的发酵活动，沉积的有机物中的蛋白质、多糖等会被降解，大部分有机物会聚合成不溶于有机溶剂的有机物——干酪根，这是一种腐殖组分。干酪根是沉积有机质的主体，约占总有机质的80%~90%。小部分会生成沥青，沥青是大家非常熟悉的，柏油路都是用沥青铺的。

最后一步就是干酪根在特定温度下生成石油（包括天然气）。在地下不超过60℃的部位，干酪根生成石油极少。超过60℃，石油大量生成。低温超过120℃时，低分子甲烷气（即天然气）大量产生。这其中经历了大量的催化裂化和热裂化的化学反应。

这样一步一步，经过几百万年，石油终于形成了。

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